いいえ、各プラン1個までとなります。
細かな条件は次のとおりです。

フリープラン	ドメインごとに1個
フリー 容量増加プラン
フリー PHP+MySQLプラン

FTPソフトの設定方法については、マニュアルをご用意しておりますので、ご参照ください。

マニュアル - FTPソフトの設定(フリー・フリー 容量増加・フリー PHP+MySQL)